芳院古村落始建年代久远，目前村内以李姓为主。据《芳院李氏族谱》记载，芳院李姓血脉源于唐末战乱时期，始祖为李唐宗室，避祸入闽。始居古田县杉洋村。后迁居唐宦村。先祖穆山公于元代至正七年（公元1347年）从平湖镇唐宦村迁至芳院村。初迁至此时，芳院村由陈姓居住。穆山公入赘陈姓四公家为婿，娶长女财娘为妻。至今已历时600余年，传25世，繁衍至千户。此外芳院村内黄姓亦为大姓，始祖于乾隆二十年（公元1755年）自古田县迁入本村，始祖黄文照，至今传十世，繁衍至25户，百余人。村落得名于李姓始祖穆山公，据族谱记载，穆山公观察山村形势，“观其形若规之为方，觇其势为矩之为圆”，故得名“方圆村”。后流传日久，先后有方院、芬院、芳院诸名。据乾隆及光绪《屏南县志》载，其时村名均为“方院”。现今则定名为芳院。新中国成立后定名芳院并沿用至今。清雍正十三年（公元1735年）屏南建县前芳院村属古田县横溪恩惠乡二十五四保管辖。清雍正十三年至民国三年（1914年）属屏南县二区管辖。民国二十六年（1937年）属屏南县长桥区管辖。民国二十九年（1940年）属屏南县长桥区管辖。民国三十五年（1946年）属屏南县路下乡管辖。1949年，中华人民共和国成立，全县设三个区、芳院属屏南一区，区公所驻地在路下村。1955年，全县改设四个区，芳院属屏南县长桥区管辖；1958年，实行政社合一建制，全县设5个人民公社，94个生产大队，芳院属红旗公社管辖，公社所在地在长桥。1961年，全县改划10个公社，148个生产大队，芳院村属路下公社管辖。1984年，全县撒社建乡，改生产大队为村民委员会。芳院村属路下乡人民政府管辖至今。芳院李氏系唐宗室入闽始祖诲公季子改公裔，诲公十七世孙勉公从古田杉洋迁平湖镇唐宦村，为唐宦村李氏始祖。勉公十世孙穆山公于元至正七年(公元1347年，丁亥岁)，从唐宦村迁到芳院村。穆山公始迁芳院时，村为陈姓人居住，从穆山公入赘陈四公长女财娘始。李姓落堂开基立业至今(截止2015年)，已有668年历史。传二十五世，蕃衍千余家。芳院村历代以来以田园务农为主，村民勤劳善良，民风朴实，是屏南李氏人口较多的村庄。芳院村黄姓在清乾隆二十年(公元1755年)由古田旧县五保。衙堂边迁人芳院村，始祖黄文照。从迁人至今传十世，共25户，100多人。芳院村李姓第四世祖惠崇公迁往长乐金峰定居，第五世祖永灵与次子仕广迁往古田里坪。第八世祖宗注迁往沙县。十一世祖世沐迁往邵武李庄，十七世祖日乌迁往建瓯，十九世祖国宏等5人迁往建瓯东游桂溪村等地，第二十世祖继芳等13人迁往建瓯东游、玉山等地，二十一世祖丕圆、福长等8人迁往建瓯、宁德、南平等地，二十二世祖礼传迁往建瓯城关，振德迁往东游盛地。经初步统计，李姓迁出外县居住的乡村共有34个，他们融入当地社会成家立业，创业奋斗，繁衍生息。迁居本县范围的有路下、长桥、中秋、凤林、溪坪等16个村庄共22户，300多人口。1992年，芳院村在本县城关居住的乡亲为了加强亲情联络，团结一致，亲密协作，共同发展，成立了芳院村理事会，截止2015年底，参加理事会的李、黄两姓乡亲共有60多户。理事会按家乡的习俗，每年正月十六日各户派名代表参加聚会，商定一年有关事宜。

        梨林山公主信仰在芳院村西北面有一大片郁郁葱葱的竹林，连绵起伏，尉为壮观，俗称“梨林”，离村大概两三里路。至于为何把这处山取名梨林(历史上是否种有梨树)便无从说起了。稀奇的是山中供奉的独脚先师山主公(山神)十分灵验，芳院村老少皆知，路过此地，没有谁敢不敬的。梨林山主公不但灵验，神龛供奉的所在也是别有一番洞天。沿着梨林圳蜿蜒曲进约二里许，到了圳头坪就不远了。在圳头坪斜前方的大石姆竹林半山中，有一块大石头，足有二层楼五十平梨林山主公米的房子那么大，约几千吨，上方粗阔突出不规则，底面平滑，如刀削打磨过一般，两面嵌在山体中，一面悬空，奇特的是受力最大的一面却压在另一石头上，石与石之间留有近一米的距离却是由一串直径不超过一尺的碎石垒叠抵住，这样，石下就留出了近20平方米的空间。在这里，村民就地取材，用石块垒成一个神坛，神龛安在靠山的一面，外摆一个大香炉，这便是独脚(腿)先师山主公神位所在。从前，凡在梨林一带放牛、养鸭的村民，每天都要先到山主公神坛前，折一把鲜嫩的树枝插在香炉里乞求保佑，方能保得牛羊鸡鸭不失头，顺利平安长成。还有，据到这里上山砍柴避雨的村民说，梨林山主公殿附近常出没一条大蛇，大约木桶那么大，偶有噼哩啪啦声响后，只见山坡上的苇草向两旁斜弯下去，如似一根大毛竹向山下滑去，速度极快，倏地就不见了，果然是神龙见首不见尾啊!人们都说，此蛇是山主公所养，千万不能伤害它。

        芳院历史文化名村四周山体环绕，绿树蔽荫，村庄内部的“一镜圆池”，村庄背山面水，负阴抱阳，自然环境较为优越。村内的建筑顺应地势，有机组织，形成了与众不同的自然与人文融合的景观。在保护整治中，要保护芳院村周边的山势、绿化和自然景观，严禁开挖山体，要保护村内依山而建的形式。